W 1419 r. Papież Marcin V wydał przywilej założenia klasztoru franciszkanów na przydzielonej z przez gdańską Radę Miejską niewielkiej parceli przy ul. Rzeźnickiej. Wkrótce powstał tu klasztor. Jego śladów dziś już nie widać, ale uważne oko dostrzeże pozostałości jednonawowego kościoła Wieczerzy Pańskiej, wybudowanego w latach 1422-1431. Obecnie stanowi on prezbiterium kościoła pw. Św. Trójcy, czyli drugiej po kościele Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny, świątyni Gdańska.
Pod wpływem reformacji i z powodu upadku życia zakonnego klasztor wraz z kościołem został przekazany Radzie Miejskiej Gdańska w roku 1555. W klasztorze założono Gimnazjum Akademickie, które przetrwało do 1817 roku. Istniała tu także pierwsza gdańska biblioteka, którą zasilił księgozbiór Franciszkanów. Kościół znalazł się pod zarządem luterańskim i kalwińskim. W XIX w. pozostałe budynki adoptowano na cele wystawiennicze, w 1872 r. powstało tu Muzeum Miejskie (Stadtmuseum), które podczas II wojny światowej doznało poważnych zniszczeń, a część zbiorów bezpowrotnie zaginęła.
Zespół klasztorny składa się z czterech budynków: kościoła św. Trójcy, Kaplicy św. Anny, dawnego klasztoru i domu kazalnicowego. Od 1945 r. zespół, z wyjątkiem klasztoru (pełniącego obecnie funkcję Muzeum Narodowego), powrócił do franciszkanów.
W sobotę, 24 listopada 2018 r., o godz. 12:00 po kościele św. Trójcy oprowadzi Państwa o. dr Tomasz Jank, kapłan zakonny, gwardian klasztoru franciszkanów, który opowie o dziejach świątyni i jej wyposażeniu.
Wydarzenie jest częścią drugiej odsłony projektu "Historie Gdańskich Dzielnic", poświęconej Staremu Przedmieściu.
